איך וועל אראפברענגען עטליכע פאראגראפן פון דעם לינק וואס איך האב צוגעברענגט אויבן, פאר די וואס איז שווער צו ליינען אזעלכע לאנגע מאמרים און פאר די וואס קענען נישט אביסל שווערע לשון קודש (היינט רופט מען דאס עברית...).
כמעט כל מי שבא במגע קרוב עם הרב קוק העריך אותו.
בין מחליפי המכתבים הקבועים עמו: הרב אברהם ישעיה קרליץ - החזון איש. הרב שלמה עלישאוו
(אלישיב) - בעל ספר הקבלה "לשם שבו ואחלמה", שאמר על הרב קוק, שהוא "כליל
השלמות: שלמות בגאונות, שלמות בצדקות, שלמות במחשבה ושלמות בהנהגה", וכן
שהוא איננו שיטה מסוימת בקבלה אלא כולל את כל השיטות, "ועליו ניתן לומר
'כל רז לא אניס ליה! (=הכוונה שהוא יודע את כל הסודות/הרזים של תורת
הנסתר), הרב חיים עוזר גרודזינסקי - מנהיג יהדות מזרח אירופה, הרב נפתלי צבי יהודה ברלין (הנצי"ב מוולוז'ין - ראש הישיבה הגדולה ביותר בגולה), הרב חיים סולובייצ'יק, הרב יצחק זאב סולובייצ'יק, האדמו"ר מגור דאז - רבי אברהם מרדכי אלטר, הרב איסר זלמן מלצר ("אבן האזל") שעל פי עדות הרב אויירבך היה חסידו של הרב קוק, שאמר לרב חיים עוזר, "אנחנו גדולים עד בריח הדלת של הרב קוק", הרב יוסף חיים זוננפלד, הרב יוסף יצחק שניאורסון (האדמו"ר השישי של חב"ד) ועוד רבים מכל העולם.
הנצי"ב אמר עליו לתלמידי ישיבתו: "ראו ידיעותיו של זה שגדול בתורה
ויראה, אתם מתיימרים בהשכלתכם, והרי גם בזה אינכם מגיעים לקרסוליו". (משנת
הרב עמ' 15).
חותנו האדר"ת אמר עליו: "לקחתי חתן לבתי, שאינני מגיע לקרסוליו". (שם עמ' 16)
הרב מרדכי אליאשברג, רבה של בויסק אמר עליו: "בטוחני בו כי יחולל גדולות בארץ ישראל" (שם עמ' 20).
בהספדו אמר עליו הגר"מ חסקין רבה של פרילוקי: "הרב היה הרמב"ם של דורנו".
החפץ חיים עזב את הכינוס של אגודת ישראל בתרפ"ג בוינה
בטריקת דלת, לאחר שהשמיצו והכפישו שם את הרב קוק, וסירב להיפגש עם
המכפישים שביקשו להתנצל, וכן סירב ללחוץ את ידיהם של בני המשלחת הירושלמית
ואמר להם: "לאלה שעושים מחלוקת נגד רבה של ירושלים איני נותן שלום!"
והוסיף: "דעו לכם כי הוא קדוש וטהור, וכל הנוגע בו לא יינקה!".
האדמו"ר מגור, שבחמש הפעמים שבהן ביקר בארץ ישראל ביקר אצלו, אמר עליו: "בעל מוח כזה לא היה במאה השנים האחרונות" (לקוטי הראי"ה עמ' 136) וכאשר חזר לפולין
לאחר ביקורו הראשון, זימן אליו את עורכי העיתון האגודאי "דער יוד" והזהירם
שמכאן ולהבא לא יצטטו סיפורים ושמועות שיש בהם פגיעה ברבה של ירושלים (שם
עמ' 139).
לעומת זאת, רבנים ממחנה "העדה החרדית"
הקיצונית, התנגדו לו בחריפות בשל דעותיו החדשניות והלאומיות, ואף
שהעריכוהו כחכם גדול בתורה, הכריזו עליו מלחמה רוחנית גדולה ומרה וטענו
שהוא טועה בדעותיו, מלחמה שממנה סבל עד ימיו האחרונים. חוגים אלו גם
הפעילו נגדו טרור מילולי ואף פיזי, והשמיצו אותו וביזוהו כל אימת שיכלו.
הרב גלזר רבה של רמלה, סיפר כי היו כאלו בשכונת מאה שערים שצעקו לו "אפיקורס" מאחורי תריסים מוגפים, כאשר הלך ברחוב. קבוצה של קיצונים מהיישוב הישן אף הגדילו לעשות, ובל"ג בעומר של אחד השנים, עשו בובה בדמותו של הרב קוק והעלו אותה באש.
רבי אלחנן וסרמן, שנמנה על הפלג הקנאי באגודת ישראל
כתב בספרו: ידוע כי העומד בראש [הרבנות הראשית] כותב וחותם קול קורא לעורר
היהודים לתת כסף לקרן היסוד, וידוע גם כן כי כספי קרן היסוד הולכים לגדל
כופרים להכעיס, ואם כן המעורר לתמוך בקרן זה הוא מחטיא את הרבים במדרגה
היותר נוראה ... ואם רואים אנו שהוא מהלל רשעים יודעים אנו שזהו רשע גמור
באופן שהדבר ברור שאסור להתחבר לאיש כזה. ולולא שאינני כדאי הייתי אומר כי
המחזיק בהצעה זאת [לחבר את העדה החרדית עם הרבנות הראשות] ראוי לנדותו
(קובץ מאמרים ח"א עמוד קנ"ג).
גם רבי יואל טייטלבוים, האדמו"ר של חסידי סאטמר
כתב בספרו ברוח זו, בתשובה שבה הוא מתאר את הרב קוק כאיש צר ואויב לדת
תורתינו הקדושה ולעיקרי האמונה, אשר מחזק את הציונים, העדה הרעה והטמאה,
שמהוה אבני נגף לבית ישראל ומחריבת העולם, ושמפיץ דברי מינות וכפירה,
בעזות מצח וחוצפה יתירה, ומגדף ביד רמה את ה' (עפ"י שו"ת דברי יואל חו"מ סימן קל"א ועיינו גם סימן קל"ב). גם רבנים אחרים, בעיקר מהונגריה שמלפני השואה, יצאו נגדו בחריפות, כתבו נגדו, ונגד ספריו, ברוח קרובה לזו.
התנכלות לספריו
ולכל ספר תורני אחר ששמו ותורתו מוזכרים בהם, היא עוד אחת מהשיטות
שמתנגדיו נוקטים במלחמתם נגדו. רבים מהמו"לים מצנזרים בגין כך את
איזכוריו, וגררו מחאות. (דוגמה). מסופר כי הרב שלמה זלמן אויערבך סירב לבקשות להשמיט את הסכמתו של הרב קוק מספרו, והעדיף שלא להדפיס כלל את ספרו ללא ה"הסכמה".
ההתנגדות לרב קוק הובילה גם לזיופים. זיוף מפורסם נעשה על שמו של הגאון מרוגוצ'וב רבי יוסף רוזין שכביכול כתב נגדו בלשון זו: "הבור, השוטה, המכונה בשם ... צא טמא יקרא לו ואסור להתוכח עמו ... והרי הוא כופר בהשגה עליונה". רבי מנחם מנדל שניאורסון אדמו"ר חב"ד הוכיח כי הדברים הינם זיוף גס, שלא ניתן לייחסו לרב יוסף רוזין. ישנם הטוענים בשם ה"חזון איש", "שהרב קוק גדול בתורה, אבל טעה בהשקפה שלו".
גם רבים ממנהיגי המזרחי, על אף שהעריכו אותו הערכה רבה, התנגדו
לפעולותיו ולהשקפת עולמו האקטיביסטית מדי לטעמם. הרב קוק ומנהיגי המזרחי
נאבקו ביניהם מראשית הקמת התנועה ועד מותו של הרב קוק. זה חל עוד בהתנגדות
הרב קוק לסיעת המזרחי כשרק הוקמה, ועד למאבקי כוח ברבנות הראשית, עת
הראי"ה ניסה להציב מועמדים למשרות השונות מקרב חוגו נגד מועמדים של
המזרחי. גם לאחר מותו של הרב קוק לא שככו הדי ההתקוטטיות, כאשר חוגו של
הרב קוק ניסה להעמיד במקומו את חרל"פ כרב ראשי אשכנזי (בתמיכת החרדים),
בעוד אנשי המזרחי ניסו לקדם, ואף הצליחו, את מועמדותו של ד"ר הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג.
בדור האחרון, הרב מנחם מנדל שניאורסון, הרבי מלובביץ', שלל בנחרצות את הרעיון של ראיית המדינה כאתחלתא דגאולה.
הוא סבר כי התפיסה של המדינה כ"אתחלתא דגאולה", היא היא הסיבה לכל שפיכות
הדמים שיש בישראל. עם זאת, לאחר מלחמת ששת הימים טען האדמו"ר מליובוויטש,
כי רק עד שנת תשכ"ז הייתה "יד האומות תקיפה ..." כפי שכתב לרב שלמה יוסף זוין במכתביו אודות הקרבת קרבן פסח בימינו. ב"ספר האיגרות" של הרבי מליובאוויטש מופיעים הערותיו ל"מוסר הקודש" של הרב קוק.